CLIP-seq

Definition / 释义

CLIP-seq（Crosslinking and Immunoprecipitation sequencing）是一种研究RNA结合蛋白（RBP）在细胞内与RNA相互作用位点的高通量测序技术。它通常通过紫外交联固定蛋白-RNA复合物，免疫沉淀富集目标蛋白结合的RNA片段，再进行测序与定位分析。（相关变体包括 HITS-CLIP、iCLIP、eCLIP、PAR-CLIP 等。）

Pronunciation / 发音

/ˌsiːˌɛlˌaɪˈpiː siːk/

Examples / 例句

We used CLIP-seq to map where the protein binds RNA.
我们使用CLIP-seq来绘制该蛋白与RNA结合的位置图谱。

By integrating CLIP-seq peaks with RNA-seq expression data, the team inferred how the RBP regulates alternative splicing across different cell types.
研究团队将CLIP-seq的结合峰与RNA-seq表达数据整合，从而推断该RNA结合蛋白如何在不同细胞类型中调控可变剪接。

Etymology / 词源

CLIP-seq 是实验方法名称的组合缩写：CLIP 来自 Crosslinking and ImmunoPrecipitation（交联与免疫沉淀），**-seq** 来自 sequencing（测序）。该术语在分子生物学与基因组学领域中常用于描述“把CLIP流程与高通量测序结合”的技术路线。

Related Words / 相关词

• RNA-Seq
• RIP-Seq
• HITS-CLIP
• ICLIP
• ECLIP
• PAR-CLIP
• Crosslinking
• Immunoprecipitation
• RBP
• Splicing

Literary Works / 作品与出处

• Ule, J. et al. “CLIP identifies Nova-regulated RNA networks in the brain.” Science (2003).
• Licatalosi, D. D. et al. “HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing.” Nature (2008).
• Van Nostrand, E. L. et al. “Robust transcriptome-wide discovery of RNA-binding protein binding sites with enhanced CLIP (eCLIP).” Nature Methods (2016).